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應該在電車事故中遇難的同學，某天突然再度出現在學校裡。它們吸收了其他的同學，變成了恐佈的異形。由季彌因這惡夢般的事件十分恐懼。此時他收到一封署名為中村千織的女性寄來的信。因為自人們的睡中消失的「惡夢」不斷侵襲現實世界，她請求季彌協粉她自「惡夢」的魔掌中拯救世界。為了保護家人，由季彌前往九州．角島的青屋敷。
千織委託四人協助將「館」封印，但是在當天晚上，她就在青屋敷中神秘死亡。為了不讓惡夢繼續危害世界，決意要封印「館」的季彌一行人，循著瑞樹的記憶，一路尋找「館」的由季彌一行人來崗山。找到囚禁著瑞樹的青梅竹馬玩伴：由利繪的「館」－水車館。由季彌雖然操縱自己的惡夢封印淘水車館，瑞樹卻也在與「館」的惡夢博鬥中失去性命。接著由季彌一行人造訪迷路館，再度與惡夢博鬥。在打鬥之中，這次是留美子失去了性命。剩下的由季彌等三人，繼續前往想一在京都的老家。在想一的亡父。飛龍高洋所製作的人偶靜靜矗立在庭院裡，由季彌他們赫然發現了一口棺材....？
