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和哉為了與人類的敵人．ＮＯＶＡ作戰而被編到傑尼提克斯，在那裡他遇見跟死去的姊姊很像的少女莎堤萊薩。兩人經歷過許多戰鬥之後逐漸變的親近。在與ＮＯＶＡ的戰鬥逐漸激烈之下，人類執行了Ｅ潘朵拉計畫。但是Ｅ潘朵拉的叛變卻讓計畫出現破綻。加上ＮＯＶＡ的來襲使得阿拉斯加基地面臨崩壞的危機。投入這場激烈戰鬥的莎堤萊薩一行人的命運，Ｅ潘朵拉篇終於完結
